Non direi, io lo utilizzo dalla sua prima uscita per PC e poi da subito anche per quella Android sulla Focus che ha batteria custom e zero problemi, idem sul forum internazionale dove ci sono svariati utenti con batterie custom Focus e non che non hanno mai avuto problemi.
Secondo me i problemi stanno altrove, probabilmente nell'hardware della bici, nello smartphone utilizzato, o ancora nella connessione.
Io ad esempio a casa vado solo ed esclusivamente di configurazione via cavo visto le alte possibilità di interferenze radio, e la app la utilizzo invece solo nel bosco dove i disturbi radio sono sicuramente ridotti vista la scarsità di campi elettromagnetici.
Può anche essere che come dice MISTER HIDE se vai a fare un giro e hai il telefono con il bluetooth acceso nello zaino questo tenta un collegamento e interferisce con il sistema. Comunque anche Stunloker mi ha risposto che non ci sono problemi con le batterie non originali. La Focus quale monta?